این مسجد مشهورترین واز مساجد کهن مکه است. موقعیت آن در پایین کوه حجون به مت حرم، حدود پنجاه متر بعد از پل حجون و در حاشیه قبرستان حجون است. خیابان کوچکى است در کنار مسجد با نام«شارع مسجد الجن» که هنوز تابلوى قدیمى آن بر دیوار وجود دارد.
از نامهاى دیگر این مسجد،«مسجد الحرس»است. به نقل ازرقى،این نام از آن جهت است که صاحب الحرس، که در مکه گشت شبانه داشت، به این محل مىآمد و در آنجا با عرفا- چهرههاى شناخته شده و برگزیده قبائل- و حراس دیگر،از شعب عامر و ثنیة المدنیین، دیدار مىکرد.
بنا به نقل برخى از روایات، نامگذارى آن به مسجد جن به جهت رابطهاى است که با سوره جن دارد. مىدانیم که سوره جن یکى از سورههاى قرآن است. خداوند در این سوره فرموده است: جنها آیات الهى را شنیده و به آنها ایمان آوردند. گویا این آیات در محلى که به نام مسجد جن شهرت دارد، نازل شده است. برخى نامیده شدن آن را به مسجد البیعه، به دلیل بیعت جن با آن حضرت دانستهاند.
برخى روایات تاریخى به این نکته اشاره کردهاند که رسول خدا- ص - محل مسجد را براى عبد الله بن مسعود مشخص و معین فرمود.
از تاریخ بناى این مسجد،اطلاعى در دست نیست،اما مىدانیم که مسجد در قرن دوم و پس از آن، به همین نام سرپا بوده و مورخان در طول قرون مختلف از آن یاد کردهاند.
مسجد جن در ناحیه شمالى مسجد الحرام،اندکى پس از پل حجون، واقع شده است. در شرق مسجد، خیابان مسجد الحرام و در غرب آن، خیابان جن قرار دارد و مسجد تقریبا در محل تلاقى این دو خیابان قرار گرفته است.
محل فعلى مسجد دقیقا در محل قبلى آن است و در بازسازى جدید، مساحت آن به 600 متر مربع رسیده است. بناى مسجد محکم و منارهاى در رکن شمال شرقى آن قرار دارد.